大善寺は真言宗智山派に属し、古くは柏尾寺、柏尾山寺などと称した古刹です。現在の本堂は、文永７年(１２７０年)の火災後の再建によるもので、弘安７年(１２８４年)に鎌倉幕府９代執権の北条貞時が勧進し、正応３年(１２９０年)に落成をみました。本堂の中に本尊である木造薬師如来および両脇侍像（国重要文化財）を安置するため、本堂は別名薬師堂とも呼ばれています。この本堂は、ヒノキの皮を重ね合わせた桧皮葺（ひわだぶき）寄棟造の大屋根をもつ鎌倉時代における密教本堂の代表例であり、山梨県最古の建物です。